A história de Last Order começa quando Alita (ou Gally) é ressuscitada pela nanotecnologia de Desty Nova na cidade flutuante de Tiphares. Indo para o espaço com novas e antigas companhias, para procurar pelo seu amigo perdido, Lou Collins, e para encontrar mais sobre seu passado, Alita é pega em um conflito interplanetário entre os maiores poderes das colonizações do sistema solar. Durante a história, muitos segredos sobre Battle Angel Alita que não haviam na história principal são revelados.